चारा घोटाले से जुड़ी अहम फाइलों का पटना सचिवालय से गायब होने के मामले पर भाजपा ने नीतीश सरकार पर जमकर हमला बोला है। भाजपा नेता एवं केंद्रीय मंत्री राजीव प्रताप रुडी ने राज्य सरकार पर निशाना साधते हुए कहा, चारा घोटालें से जुड़ी महत्वपूर्ण फाइलों का गायब होना इस बात की ओर इशारा करता है कि किस तरह से राज्य में सत्ता का गलत इस्तेमाल किया जा रहा है और उन मामलों को दबाया जा रहा है. जिनमें राजद सुप्रीमो लालू प्रसाद यादव दोषी हैं। 
केंद्रीय मंत्री ने पत्रकारों से बातचीत में इसके साथ ही यह भी कहा कि बिहार में जदयू-राजद के सत्ता में आने के साथ ही सरकार अपराध व अपराधियों के संरक्षक के रूप में नजर आ रही है। वहीं, इस मामले में राज्य सरकार ने बुधवार को कहा है कि पशुपालन विभाग से गायब पांच सौ फाइलों में चारा घोटाले से जुड़ी फाइलें नहीं हैं। विभाग ने कहा कि कुछ फाइलें कानूनी विवाद या पशु चिकित्सकों व कर्मचारियों से जुड़े मुद्दों से हो सकती है, जिनको अदालत में निपटारा हो चुका है।